De l’església de Sant Martí de Dosquer se’n tenen notícies documentals des del segle XIII. És citada, el 1278, en el testament del bisbe de Girona, Pere de Castellnou, com a “Sancti Martini de Duobus cheriis”. Havia estat possessió de la seu episcopal, exercint el bisbe, que tenia castell en el lloc, la jurisdicció civil.
L’any 1722, durant el viatge que realitzà el bisbe de Girona, Josep de Taverner i d’Ardena, l’església perdé el permís per a celebrar dues misses diàries sense cap justificació.
