L’any 878 en un precepte concedit a Santa Maria d’Arles pel rei Lluís el Tartamut apareix esmentat el lloc de Carbonils. Però no és fins a molt més tard que es documenten notícies sobre l’església de Sant Feliu, malgrat que el conjunt edificat conserva parts clarament preromàniques. A final del segle XIII l’església de Sant Feliu apareix esmentada entre les parròquies i capelles que posseeixen rendes pròpies.
Es succeeixen diferents notícies històriques al llarg del temps. L’església deixà de tenir culte a causa del despoblament que es produí després de la Guerra Civil i a partir d’aquest moment entrà en un procés de degradació i espoli. Entre 1976 i 1986 es varen fer treballs de neteja i de restauració i consolidació.
A la sagristia d’Albanyà es conserva una làpida sepulcral esculpida d’època gòtica primitiva, que procedeix d’aquí.
