L’església-ermita de Santa Maria de Codó, ara coneguda com l’ermita de Santa Magdalena, apareixia als registres de la diòcesi del segle XIV com a “capella seu ecclesia heremitana Sancte Marie de çodone in parrochia Sancte Cecilie de Terrades”. Ja a la primera meitat del segle XV l’ermita estava força enrunada, i el bisbe Andreu Bertran va haver de publicar una circular l’any 1425 per fer-hi reparacions, una mesura que es va repetir el 1437 i el 1438 sota el bisbe Bernat de Pau. Per la construcció de l’edifici actual, que data del segle XV, sembla que es va reutilitzar material de l’ermita anterior.
La seva estructura és un clar exemple de com algunes formes de l’arquitectura romànica van perdurar en la tradició popular, fins i tot molt temps després. Des del cim podre gaudir d’unes espectaculars vistes del territori de l’Alt Empordà.
