Es uno de los monumentos más extraordinarios y llamativos de Évora. Esta capilla fue construida a finales del siglo XVI a partir de una idea de los frailes franciscanos que vivían en este monasterio: Reflexionar sobre la condición tan frágil de la existencia humana y meditar sobre la vida eterna. Sus paredes y pilares se encuentran revestidas por cinco mil calaveras y millares de huesos que estaban sepultados en los cementerios de la ciudad. Al fondo, en una de las paredes, aparecen colgados dos esqueletos. Una leyenda cuenta que eran padre e hijo, y que el hijo maltrataba a la madre, acción de la cual el padre era cómplice al no oponerse. Al morir la madre echó sobre ellos la siguiente maldición: !Que la tierra de vuestras sepulturas no os destruya!. Sobre la puerta de la capilla se muestra el siguiente mensaje: “Nosotros huesos que aquí estamos por los vuestros esperamos”. Por su parte, el Convento de São Francisco fue el primer convento de esta orden construido en Portugal. La edificación actual fue concluida durante el reinado de D. Manuel y es uno de los mejores ejemplos del estilo tardo-gótico del Alentejo. El convento también cuenta con una de las mayores iglesias del país, ricamente decorada por los mayores artistas de la época.
